介绍
Shiny是一个R包,允许用户将R代码转换成交互式网页。 Shiny server是由RStudio提供的服务器,可用于在网络上托管和管理Shiny应用程序。
在本指南中,我们将学习如何在运行Ubuntu 14.04的DigitalOcean Droplet上设置开源Shiny Server,如果您的Droplet运行的是Ubuntu的另一种版本或不同的Linux发行版,大多数指令仍然适用,但您可能需要修改一些命令以匹配您的特定发行版。
前提条件
对于这个教程,你将需要:
- Ubuntu 14.04 Droplet 具有 2 GB 的 RAM
- 在 Droplet 上安装的最新版本的 R(How To Set Up R on Ubuntu 14.04)
- 具有 sudo 特权的非 root 用户(Initial Server Setup with Ubuntu 14.04解释了如何设置此功能。
本教程中的所有命令都应该作为非根用户运行,如果命令需要 root 访问,则将被sudo提前。
<$>[注] **注:**对于本指南的剩余部分,每次你看到 your_server_ip,你需要用你的Droplet的IP代替。
步骤 1 - 安装 Shiny
在安装Shiny Server之前,我们需要安装Shiny R包,我们将以一种方式安装‘shiny’,使其可供服务器上的所有用户使用。
1sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
<$>[注] **注:**如果你熟悉R,你可能会被诱惑直接从R安装包,而不是从命令行。
第2步:安装Shiny服务器
我们将使用 GDebi工具安装Shiny Server,所以我们需要先安装它。
1sudo apt-get install gdebi-core
假设您的Dropplet正在运行64位Ubuntu,请使用以下命令下载Shiny Server。
1wget -O shiny-server.deb http://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-1.3.0.403-amd64.deb
这将下载Shiny Server版本 1.3.0.403,这是最新的Shiny Server在本文写作时。如果你想下载最新版本,你可以参阅官方Shiny Server下载页面找到最新版本,并相应地更改URL。如果你运行的是32位操作系统或非Ubuntu发行版,你可能需要参阅Shiny Server下载页面对你的操作系统的具体说明。
现在使用 GDebi来安装已下载的文件。
1sudo gdebi shiny-server.deb
Shiny Server 现在应该安装并运行在端口 3838. 您应该能够在 http://your_server_ip:3838/ 看到默认的欢迎屏幕。
您可以通过访问http://your_server_ip:3838/sample-apps/hello/来确保您的 Shiny 服务器正常工作。
步骤 3 — 托管交互式 R Markdown 文档
Shiny Server 不仅用于托管 Shiny 应用程序,还用于托管交互式 R 标记文件. 您可以了解更多关于交互式 R 标记文件(RStudio 官方 Rmarkdown 网站)(http://rmarkdown.rstudio.com/)。
在这一点上,你应该有一个工作 Shiny 服务器,可以托管 Shiny 应用程序,但它还不能托管交互式 R 标记文件,因为没有安装rmarkdown R 包。 Shiny 服务器配备了可在http://your_server_ip:3838/sample-apps/rmd/上找到的交互式文档样本。
让我们安装rmarkdown包来修复这一点。
1sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
现在 Shiny Server 已设置为运行交互式 R 标记文件以及 Shiny 应用程序。 若要验证交互式文档是否有效,请前往 http://your_server_ip:3838/sample-apps/rmd/ 并确保没有错误。
步骤 4 — 安装 Shiny Server Professional (可选)
仅执行此步骤,如果您购买了 Shiny Server Professional 许可证,并希望在该服务器上使用该许可证。
购买许可证后,RStudio将为您提供一个URL,用于下载Shiny Server Pro文件。
1wget -O shiny-server-pro.deb Shiny_Server_Pro_URL
安装Shiny Server Pro。
1sudo gdebi shiny-server-pro.deb
您还将获得一个产品密钥,需要激活Shiny Server Pro。
1sudo /opt/shiny-server/bin/license-manager activate Product_Key
重新启动 Shiny Server Pro,以便激活的版本启动。
1sudo reload shiny-server
下一步
你现在有一个运行的 Shiny 服务器,可以托管 Shiny 应用程序或交互式文档。 Shiny 服务器的配置文件位于 /etc/shiny-server/shiny-server.conf. 默认情况下,它被配置为在 /srv/shiny-server/ 目录中服务应用程序。 这意味着任何位于 /srv/shiny-server/app_name 的 Shiny 应用程序将可供公众使用在 http://your_server_ip:3838/app_name/。
最好看看 Shiny Server Administrator’s Guide以了解如何定制服务器以满足您的确切需求以及如何管理它。
要了解更多有关写明应用程序的信息,请阅读 rstudio.com 的教程(http://shiny.rstudio.com/tutorial/)。
要了解有关编写交互式 R 标记文件的更多信息,请参阅 R 标记页面在 rstudio.com。
结论
在本指南中,我们通过了在Ubuntu 14.04 Droplet上设置Shiny Server所需的步骤。