介绍
R是一个流行的开源编程语言,专注于统计计算和图形。它被统计学家广泛使用来开发统计软件和执行数据分析。R的优势之一是它高度易于扩展,允许用户创建和提交自己的包。
全面的R档案网络(CRAN)(LINK0))是一个网站(称为 _mirrors)的集合,其中包含许多R包和R分布本身的相同材料,您可以从任何CRAN镜(LINK1)中下载R和许多R包,但我们会使用RStudio(LINK2)镜子。
在本指南中,我们将学习如何在运行Ubuntu 14.04的DigitalOcean Droplet上设置R。如果您的Droplet运行的是不同的操作系统,大多数指令仍然适用,但您可能需要修改一些命令。
前提条件
对于这个教程,你将需要:
- 具有至少 1 GB RAM 的 Ubuntu 14.04 Droplet. 本教程中的所有命令都应该作为非 root 用户运行. 如果命令需要 root 访问,则将先由
sudo进行。
步骤 1 - 设置 APT
要安装 R,我们将使用 APT (高级包装工具) 工具。它使用一个特殊的文件,列出应该从哪里下载软件包的来源。 该文件是 /etc/apt/sources.list. 为了获得 R 的最新版本,我们需要将正确的 repository 添加到源列表中,将一行添加到源文件中。 您需要添加的准确的行将取决于确切的 Ubuntu 版本。 对于 Ubuntu 14.04,运行以下命令来添加正确的 repository 到 /etc/apt/sources.list。
1sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'
如果您正在运行不同的 Ubuntu 版本,请参阅 此文档以获取正确的存储库。
要验证使用 APT 下载的软件包,我们必须添加一个公共密钥. 在CRAN上的Ubuntu档案是用ID E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9的密钥签名的。
1gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
接下来我们需要添加apt的密钥。
1gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -
步骤 2 - 安装 R
现在APT已正确设置,我们已经准备好使用它来安装R。
首先,我们需要更新可用的包列表,因为我们更新了源列表。
1sudo apt-get update
现在我们可以安装R. 我们使用-y旗帜自动回答是当我们被问到是否确定我们想要下载该包时。
1sudo apt-get -y install r-base
在此时,您应该在 Droplet 上安装最新 R 版本,您可以通过运行R命令来测试。
1R
你应该看到类似于以下的输出。
1R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
2Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
3Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
4
5R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
6You are welcome to redistribute it under certain conditions.
7Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
8
9 Natural language support but running in an English locale
10
11R is a collaborative project with many contributors.
12Type 'contributors()' for more information and
13'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
14
15Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
16'help.start()' for an HTML browser interface to help.
17Type 'q()' to quit R.
18
19>
现在你在R交互壳中,可以运行任意R命令。
停止 R,然后返回您的 Droplet 函数 q():
1q(save = "no")
步骤 3 – 从 CRAN 安装 R 包
现在R已安装在您的Droplet上,Droplet上的任何用户都可以使用R。当R安装时,它会自动安装一些默认包,但为了在R中做任何真正有意义的事情,您可能需要安装额外的包。
如前所述,CRAN不仅托管了R本身,而且还托管了许多R包。 要安装在CRAN上托管的新R包,或者更新现有的R包,您使用R中的install.packages()函数。
1# This is an example, do not run this
2install.packages("somepackage")
例如,如果用户 sammy 安装 somepackage,那么用户 jessie 将无法使用 somepackage 直到他们也安装它。
例如,让我们安装 shiny包,这是一个非常受欢迎的软件包,用于从 R 代码创建 Web 应用程序。将其作为 root安装给所有用户,一个方法是登录为 root,运行 R,并运行 install.packages() 命令。然而,建议不要登录为 root,所以我们可以只运行 R 命令作为 root。
1sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""
通过以这种方式安装一个包,而不是打开R并运行install.packages()命令,shiny包将可供 Droplet 上的所有用户使用。
让我们通过尝试加载它来验证‘shiny’是否正确安装。
1R
在 R 中,尝试加载shiny包。
1library(shiny)
运行以前的命令不应该导致任何错误. 现在停止 R。
1q(save = "no")
步骤 4 – 安装devtools包
虽然许多 R 包在 CRAN 上托管,并且可以使用内置的 install.packages() 函数安装,但还有更多包在 GitHub上托管,但不是在 CRAN 上。
devtools R 包需要在 Droplet 上安装三个系统包,即libcurl4-gnutls-dev,libxml2-dev和libssl-devc。
1sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
现在可以安装devtools R 包,请记住,我们希望使用上述方法来安装它,而不是在 R 会话中安装它,因为devtools 应该可供所有用户使用。
1sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
上面的命令安装devtools可能需要几分钟才能完成。
步骤 5 – 从 GitHub 安装 R 包
现在我们已经安装了devtools,我们可以使用install_github()函数安装GitHub上的任何R包,就像CRAN包一样,在安装GitHub包时,您需要从系统壳中运行命令,使该包可供所有用户使用。
1sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""
让我们通过尝试加载它来验证‘shinyjs’是否正确安装。
1R
在 R 中,尝试加载shinyjs包。
1library(shinyjs)
运行以前的命令可能会导致一些消息,但没有错误消息。
1q(save = "no")
下一步
你现在在你的Droplet上有一个工作R安装。
要了解更多关于 R 的信息,请访问 官方 R 网站,或尝试以实际和交互的方式学习 R(使用 swirl 包)(http://swirlstats.com/)。
有关CRAN及其提供的更多信息,请访问官方CRAN网站(http://cran.r-project.org/)。
对于在您的 Droplet 上写 R 代码的更好的体验,您可能需要使用 本教程来安装 RStudio Server。
如果你想在你的Droplet上托管任何你的Shiny代码,你可能需要使用 本教程来安装Shiny Server。
结论
在本指南中,我们通过了在Ubuntu 14.04 Droplet上设置R所需的步骤,我们还了解了从GitHub和CRAN安装R包之间的区别,以及如何确保这些包可供Droplet上的所有用户使用。