介绍
R是一个专门从事统计计算和图形的开源编程语言,受R统计计算基金会的支持,它被广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R是一个日益流行的和可扩展的语言,具有活跃的社区,R为特定研究领域提供许多用户生成的包,使其适用于许多领域。
在本教程中,我们将安装 R 并展示如何从官方 全面 R 档案网络 (CRAN)中添加包。
前提条件
要跟随本教程,您将需要具有以下功能的 Debian 9 服务器:
- 至少 1GB RAM
具有
sudo特权的非根用户
要了解如何实现此设置,请遵循我们的 Debian 9初始服务器设置指南。
一旦这些先决条件到位,你就准备好开始了。
步骤1 - 安装依赖性
由于 R 是一个快速移动的项目,最新的稳定版本并不总是从 Debian 存储库中可用,所以我们需要添加由 CRAN 维护的外部存储库。
要执行管理和下载证书的网络操作,我们需要安装dirmngr,以便我们可以添加外部存储库。
1sudo apt install dirmngr --install-recommends
要向 Debian 添加 PPA 引用,我们需要使用add-apt-repository命令. 对于可能无法使用此命令的安装,您可以通过安装software-properties-common来将此工具添加到您的系统中:
1sudo apt install software-properties-common
最后,为了确保我们对安全协议有HTTPS支持,我们将安装以下工具:
1sudo apt install apt-transport-https
有了这些依赖性,我们已经准备好安装R。
步骤 2 - 安装 R
对于最新的 R 版本,我们将从 CRAN 存储库中安装。
<$>[注] 注: CRAN 维护其网络中的存储库,但并非所有外部存储库都是可靠的。
让我们先添加相应的 GPG 密钥。
1sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
当我们运行命令时,我们将收到以下输出:
1[secondary_label Output]
2Executing: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
3gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
4gpg: Total number processed: 1
5gpg: imported: 1
一旦我们有了值得信赖的密钥,我们就可以添加存储库。 请注意,如果你不使用 Debian 9 (Stretch),你可以查看每个版本的名称(支持的R Project Debian分支)。
1sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'
现在,我们需要在此之后运行更新,以便从新存储库中包含包宣言。
1sudo apt update
在显示的输出中,您应该识别类似于以下的行:
1[secondary_label Output]
2...
3Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
4Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
5...
如果上面的行出现在更新命令的输出中,我们已经成功地添加了存储库,我们可以肯定我们不会意外地安装一个较旧的版本。
在此时刻,我们准备用以下命令安装R。
1sudo apt install r-base
如果被提示确认安装,请按y继续。
截至写作时,CRAN 的最新稳定版本为 3.5.1,当您启动 R 时显示。
由于我们计划为系统上的每个用户安装一个示例包,我们将以 root 启动 R,以便图书馆自动向所有用户开放。
1sudo -i R
1[secondary_label Output]
2
3R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
4Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
5Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
6...
7Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
8'help.start()' for an HTML browser interface to help.
9Type 'q()' to quit R.
10
11>
这证实了我们已经成功安装了R并进入了其交互式壳。
步骤 3 – 从 CRAN 安装 R 包
R的优势部分在于其可用的丰富的附加包。为了演示目的,我们将安装 txtplot,一个输出 ASCII 图表的库,其中包括 scatterplot,线程图,密度图,acf 和条形图表:
1install.packages('txtplot')
<$>[注] 注: 以下输出显示将安装该包的位置。
1[secondary_label Output]
2...
3Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
4(as ‘lib’ is unspecified)
5. . .
这个全站路径是可用的,因为我们运行了R作为根,这是使包可供所有用户使用的正确位置。
安装完成后,我们可以加载txtplot:
1library('txtplot')
如果没有错误消息,图书馆已成功加载,现在让我们用一个示例来示范用轴标签的基本拼图功能。由R的数据集包提供的示例数据包含(基于20世纪20年代的数据,汽车的速度和停止所需的距离):
1txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
1[secondary_label Output]
2 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
3 120 + * +
4 | |
5d 100 + * +
6i | * * |
7s 80 + * * +
8t | * * * * |
9a 60 + * * * * * +
10n | * * * * * |
11c 40 + * * * * * * * +
12e | * * * * * * * |
13 20 + * * * * * +
14 | * * * |
15 0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
16 5 10 15 20 25
17 speed
如果您有兴趣了解更多关于txtplot的信息,请从R翻译器中使用帮助(txtplot)。
任何预编译的软件包都可以从 CRAN 安装使用 install.packages(). 有关可用软件的更多信息,您可以通过 Available CRAN Packages By Name list找到由名称组成的官方软件包列表。
要退出 R,您可以键入 q(). 除非您想要保存工作区图像,否则您可以按 n。
结论
随着 R 成功安装在您的服务器上,您可能对 安装 RStudio 服务器的本指南感兴趣,以便将 IDE 带到您刚刚完成的基于服务器的部署中。
有关如何通过利用不同的工具来安装 R 包的更多信息,您可以阅读如何直接从 GitHub、BitBucket 或其他位置安装(https://andsky.com/tech/tutorials/how-to-install-r-packages-using-devtools)。