1.3资源及处理能力局限
1.3.1针对NIDS的DoS攻击。
1.3.1.1大流量冲击
攻击者向被保护网络发送大量的数据，超过NIDS的处理能力有限，将会发生丢包的情况，从而可能导致入侵行为漏报。
NIDS的网络抓包能力与很多因素相关。例如在每个包1500字节的情况下，NIDS将超过100MB/s的处理能力，甚至达到超过500MB/s的处理能力，但如果每个包只有50字节，100MB/s的流量意味2000000包/s，这将超过目前绝大多数网卡及交换机的处理能力。
1.3.1.2 IP碎片攻击
攻击者向被保护网络发送大量的IP碎片(例如TARGA3攻击)，超过NIDS能同时进行的IP碎片重组能力，从而导致通过IP分片技术进行的攻击漏报。
1.3.1.3 TCP Connect Flooding
攻击者创建或者模拟出大量的TCP连接(可以通过上面介绍的IP重叠分片方法)，超过NIDS同时监控的TCP连接数的上限，从而导致多余的TCP连接不能被监控。
1.3.1.4 Alert Flooding
攻击者可以参照网络上公布的检测规则，在攻击的同时故意发送大量的将会引起NIDS报警的数据(例如stick攻击)，将可能超过NIDS发送报警的速度，从而产生漏报，并且使网管收到大量的报警，难以分辨出真正的攻击。
如果发送100字节便可以产生1条报警，则通过拨号上网每秒可以产生50条报警，10M局域网内每秒可以产生10000条报警。
1.3.1.5 Log Flooding
攻击者发送大量的将会引起NIDS报警的数据，最终导致NIDS进行Log的空间被耗尽，从而删除先前的Log纪录。
1.3.2内存及硬盘限制
如果NIDS希望提高能够同时处理的IP碎片重组及TCP连接监控能力，这将需要更多的内存做缓冲，如果NIDS的内存分配及管理不好的话，将使系统在某种特殊的情况下耗费大量的内存，如果开始使用虚拟内存，则将有可能发生内存抖动。
通常硬盘的速度远远比不上网络的速度，如果系统产生大量的报警纪录到硬盘，将耗费掉大量的系统处理能力，如果系统纪录原始网络数据，保存大量和高速的网络数据将需要昂贵的大容量RAID。
NIDS相关系统的脆弱性
NIDS本身应当具有相当高的安全性，一般用于监听的网卡都没有IP地址，并且其它网卡不会开放任何端口。但与NIDS相关的系统可能会受到攻击。
1.4.1控制台主机的安全脆弱性
有些系统具有单独的控制台，如果攻击者能够控制控制台所在的主机，就可以对整个NIDS系统进行控制。
1.4.2传感器与控制台通信的脆弱性
如果传感器与控制台间的通信可以被攻击者成功攻击，将影响系统正常使用。例如进行ARP欺骗或者SYN_Flooding。
如果传感器与控制台间的通信采用明文通信或者只是简单的加密，则可能受到IP欺骗攻击或者重放攻击。
1.4.3与系统报警有关的其他设备及其通信的脆弱性
如果攻击者能够成功攻击与系统报警有关的其他设备，例如邮件服务器等，将影响报警消息的发送。
2 HIDS的弱点和局限
2.1资源局限
由于HIDS安装被保护主机上，故所占用的资源不能太多，从而大大限制了所采用的检测方法及处理性能。
2.2操作系统局限
不象NIDS，厂家可以自己定制一个足够安全的操作系统来保证NIDS自身的安全，HIDS的安全性受其所在主机的操作系统的安全性限制，如果所在系统被攻破，HIDS将很快被清除。如果HIDS为单机，则它基本上只能检测没有成功的攻击，如果HIDS为传感器/控制台结构，则将面临与NIDS同样的对相关系统的攻击。
有些HIDS会考虑增加操作系统自身的安全性(例如LIDS)。
2.3系统日志限制
HIDS会通过监测系统日志来发现可疑的行为，但有些程序的系统日志并不足够详细，或者没有日志。有些入侵行为本身不会被具有系统日志的程序纪录下来。
如果系统没有安装第三方日志系统，则系统自身的日志系统很快会受到入侵者的攻击或修改，而入侵检测系统通常不支持第三方的日志系统。
如果HIDS没有实时检查系统日志，则利用自动化工具进行的攻击将完全可能在检测间隔中完成所有的攻击工程并清除在系统日志中留下的痕迹。
2.4被修改过的系统核心能够骗过文件检查
如果入侵者修改系统核心，则可以骗过基于文件一致性检查的工具。这就像当初某些病毒，当它们认为受到检查或者跟踪的时候会将原来的文件或者数据提供给检查工具或者跟踪工具。
2.5网络检测局限
有些HIDS可以检查网络状态，但这将面临NIDS所面临的很多问题。