VC.NET是不是不能开发控制台应用程序?

当然可以的。
选择菜单命令 “新建->项目”，在弹出的“新建项目”对话框中选择“Visual C++项目”-> “Win32 项目”，确定后弹出应用程序向导；然后选择“应用程序属性”，在“应用程序类型”组中选第二项“控制台应用程序”。